Trung ương

Giáo hội được chia thành hai bộ phận:

• Viện Tăng thống: trông coi hàng giáo phẩm, có thể coi như ban nội vụ; Viện này có tám thành viên là tăng sĩ. Viện Tăng thống đặt trụ sở ở chùa Ấn Quang.[35]
• Viện Hóa đạo: đảm nhiệm liên hệ với Phật tử, tức ban ngoại vụ. Viện có 12 thành viên gồm tăng lữ và cư sĩ. Viện Hóa đạo lấy chùa Việt Nam Quốc tự làm trụ sở hoạt động.[35]

Hội đồng Lưỡng viện giám sát cả hai.

Viện Hóa đạo có bảy ban, gọi là tổng vụ gồm:[36]

1. Tổng vụ Tăng sự
2. Tổng vụ Hoằng Pháp
3. Tổng vụ Văn hóa Giáo dục (giám sát hệ thống trường Bồ đề)
4. Tổng vụ Xã hội
5. Tổng vụ Tài chánh và Kiến thiết
6. Tổng vụ Cư sĩ
7. Tổng vụ Thanh niên (đảm nhiệm Gia đình Phật tử và Lực lượng Phật giáo của thập niên 1960)

Bắt đầu vào thập niên 1960 Viện Hóa đạo có cho xuất bản hàng tháng tờ báo Từ Quang. Giáo hội thì có tờ nhật báo Chánh Đạo (1964-1969) làm cơ quan ngôn luận bán chính thức.[37] Nguyên thủy đây là tuần báo Hải triều âm. Sau tờ Chánh Đạo bị đình bản thì có tuần báo Thiện Mỹ và nhật báo Gió Nam.[5]

Địa phương

Thời Việt Nam Cộng hòa thì 44 tỉnh thành được Giáo hội chia thành tám miền, đặt tên theo các vị cao tăng Việt Nam:[36]

1. Miền Vạn Hạnh: Bắc duyên hải Trung phần từ Quảng Trị đến Quảng Ngãi, trụ sở ở Huế
2. Miền Liễu Quán: Nam duyên hải Trung Phần từ Bình Định đến Bình Thuận, trụ sở ở Quy Nhơn
3. Miền Khuông Việt: Cao nguyên Trung phần từ Kontum đến Quảng Đức, trụ sở ở Ban Mê Thuột
4. Miền Khánh Hòa: Miền Đông Nam Phần từ Bình Tuy lên Phước Long, Tây Ninh xuống đến Gia Định,
5. Miền Huệ Quang: Miền Tây Nam phần Tiền Giang,
6. Miền Khánh Anh: Miền Tây Nam phần Hậu Giang,
7. Miền Quảng Đức: Thủ đô Sài gòn, trực thuộc Viện Hóa Đạo,
8. Miền Vĩnh Nghiêm: Phật tử Miền Bắc di cư và đại diện cho cả Miền Bắc tuy trên thực tế Miền Bắc dưới sự kiểm soát của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa không giữ liên lạc với Giáo hội.

Ở cấp tỉnh Giáo hội cũng lập Ban Đại diện, đôi khi xuống đến cấp quận tùy theo nhu cầu.[36]

Ở hải ngoại thì Giáo hội có 11 chi bộ trực thuộc Viện Hóa Đạo gồm các nước Anh, Ấn Độ, Canada, Cao Miên, Đức,Lào, Mỹ, Nhật, Pháp, Thái Lan, Thụy Sĩ.

Sau 1975

Sau khi Việt Nam Cộng hòa sụp đổ thì cơ cấu tổ chức của Giáo hội bị thu hẹp nên tính đến năm 2008 thì Giáo hội chỉ còn văn phòng điều hành ở các tỉnh sau đây: Quảng Trị, Thừa Thiên – Huế, Quảng Nam – Đà Nẵng, Bình Định, Phú Yên, Lâm Đồng, Đồng Nai, Bà Rịa – Vũng Tàu, Tiền Giang.

Văn phòng Viện Hóa đạo đặt tại chùa Giác Hoa thuộc Phường 7, quận Bình Thạnh.[38]

Tính đến năm 2013, khoảng 10% các cơ sở trước năm 1975 của Giáo hội Thống nhất còn thuộc quyền đảm nhiệm của Giáo hội. Số còn lại 90% đã bị chính quyền giao cho Giáo hội Phật giáo Việt Nam quản lý.[39]

Vùng Sài Gòn-Gia Định cũ thì đến năm 2014 chỉ còn mỗi chùa Liên Trì ở Thủ Thiêm nhưng cũng bị áp lực giới chức địa phương đòi giải tỏa, theo lời vị sư trụ trì Thích Không Tánh thì nguyên do là để trấn áp giáo hội và phong trào xã hội dân sự nói chung.[40] Tháng 6 năm 2016, Thích Không Tánh lại cho biết, chính quyền đã đề nghị bồi thường đến 6 tỷ đồng để di dời chùa đến một mảnh đất hẻo lánh giáp ranh tỉnh Đồng Nai. Ông cho biết thêm: “Có thể một trong những lý do khiến chính quyền tìm mọi cách cưỡng chế, giải tỏa chùa là vì lâu nay vẫn diễn ra các hoạt động ‘ngoài luồng’ như phát quà cho thương phế binh của chế độ cũ, trợ giúp dân oan mất đất hay họp mặt các cựu tù chính trị hoặc các hội đoàn xã hội dân sự”.[41]

Hải ngoại sau năm 1975

Ở hải ngoại, Giáo hội có ba văn phòng riêng cho ba khu vực: Âu Châu, Hoa Kỳ, và Úc-New Zealand.[42] Năm 2007 Giáo hội lập Văn phòng II Viện Hóa Đạo do phó tăng thống Thích Hộ Giác điều hành.[43] Tổng thư ký là Thượng tọa Thích Viên Lý. Trụ sở của Văn phòng II đặt ở chùa Điều Ngự, Westminster, California.[44].

Năm 2012 Hòa thượng Thích Hộ Giác viên tịch, năm 2013 xảy ra sự kiện Giáo chỉ số 10, hòa thượng Thích Viên Lý bị chấm dứt chức vụ. Văn phòng II giao cho Quyền Chủ tịch là Hòa thượng Thích Trí Lãng.[33]

Danh sách Tăng thống

Theo hiến chương GHPGVNTN thì Tăng thống chính thức khi được bầu ra từ một Đại hội. Trong giai đoạn Tăng thống trước đã viên tịch mà chưa tổ chức Đại hội thì có chức danh Xử lý thường vụ viện tăng thống, thường cũng được coi như Tăng thống lâm thời.

Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất từ khi thành lập đến nay đã có năm vị tăng thống và trong nhiều giai đoạn có Xử lý thường vụ viện Tăng thống.

• Đệ Nhất Tăng thống (1964-1973) Hòa thượng Thích Tịnh Khiết (1890-1973).[45]
• Đệ Nhị Tăng thống (1973-1979) Hòa thượng Thích Giác Nhiên (1878-1979).[46]
• Đệ Tam Tăng thống (1979-1991) Hòa thượng Thích Đôn Hậu (1905-1991).[47] Sau khi Đệ Nhị Tăng thống viên tịch năm 1979 cho đến 2003 không có Đại hội, do đó Hòa thượng Thích Đôn Hậu trên danh nghĩa chỉ là Phó tăng thống kiêm Xử lý thường vụ viện Tăng thống, tuy nhiên trên thực tế thường được coi là Tăng thống chính thức.
• Đệ Tứ Tăng thống (2003-2008) Hòa thượng Thích Huyền Quang (1920-2008), giai đoạn 1991 - 2003 là Xử lý thường vụ Viện Tăng thống, Đại hội 2003 tại Hải ngoại suy tôn là Tăng thống.
• Đệ Ngũ Tăng thống (2011-2020) Hòa thượng Thích Quảng Độ (1928-2020). Hòa thượng làm Xử lý Thường vụ Viện tăng thống từ cuối 2008[48] đến tháng 11 năm 2011 trong kỳ Đại hội kỳ IX của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất thì mới chính thức suy tôn là Đệ Ngũ Tăng thống.[49] Ngày 30 Tháng Tám, 2013, Hòa thượng Thích Quảng Độ ra bản cáo bạch từ chức tăng thống.[50] Tuy nhiên do sự cung thỉnh của chức sắc và Phật tử, ngày 4 tháng 9, Hòa thượng Quảng Độ đồng ý tiếp tục địa vị lãnh đạo.[35]